尽管广电总局第二轮视频网站牌照的发放对民营视频网站“网开一面”，但闯过政策关之后，版权纠纷已成为视频网站不容回避的又一大问题。
6月16日，已经获得广电总局视频牌照的视频分享网站六间房被北京网尚文化传播有限公司告上法庭，后者称六间房在其网站播放网尚旗下作品《金婚》构成侵权，并索赔18万元。北京市海淀区人民法院已受理此案件。这已是近期六间房的第二次版权诉讼。
不久前六间房等5个国内视频网站因抢播一部尚未首播的以奥运为主题的电视剧《别活得太累》，而遭该剧出品方北京广电伟业影视文化中心索赔340万元。该案仍在审理中。
有分析人士称，由广电总局颁布的视频牌照，只是对经营资格的认可，对视频网站来说，在内容版权上规避法律风险，将是更为长远的问题。
6月11日，作为国内日播放量最大的视频分享网站优酷网宣布与包括CCTV、凤凰(blog)卫视、湖南卫视、TVB等百家媒体联盟的“百合(听歌)计划”,开始大规模尝试视频合作的分成计划。
除了采用合作分成的模式，也有网站采用直接版权购买的方式。国内最大的P2P(点对点)视频网站PPS网络电视总裁徐伟峰表示，版权支出已经成为PPS目前最大的开销，每年PPS至少三分之一的开支都是用于购买版权。
2008 